在生物反應器接種后，使用三種主要類型的生物反應器工藝：分批、連續和分批補料。分批生物反應器工藝包括用培養基和接種物填充生物反應器，并在不添加營養物或培養基的情況下運行生物反應器，直到完成生長曲線。 
連續生物反應器工藝不斷地將營養物質和培養基送入生物反應器，同時也不斷地從生物反應器中收集材料。由于材料不斷被收獲，這些過程可能會導致收獲材料的數量更大和生物反應器的活動時間更長。缺點是，較長的生物反應器活動大大增加了污染的機會。 
分批補料生物反應器工藝是較為常用的生物反應器工藝。這個過程從較低的起始體積開始，并按照設定的時間表及時補加營養物質和培養基，使得產品可以持續收獲。該過程完成后，再將收獲材料以進行下游加工。
生物反應器將生化產品轉化為產品。在某些情況下，細胞滅活或滅菌是在 生物反應器中進行的，例如在水處理中。描述了許多不同的生物反應器和生物反應器應用，包括用于細胞生長、酶生產、 生物催化、食品生產、牛奶加工、擠壓、組織工程、藻類生產、蛋白質合成和厭氧消化的那些是經過設計和生產的容器，旨在為酶或整個細胞將生化物質轉化為產品提供有效環境。在某些情況下，細胞滅活或滅菌在生物反應器中進行，例如在水處理中。描述了許多不同的生物反應器和生物反應器應用，包括用于細胞生長、酶生產、生物催化、食品生產、牛奶加工、擠壓、組織工程、藻類生產、蛋白質合成和厭氧消化的那些。